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在樹立強大品牌的同時，哈藥集團充分利用品牌為公司積累起來的豐富的資源和條件，以更大的氣魄投入自主創新工作。公司投資1億多元打造新藥研發體系。圍繞其1996年建立的國家級企業技術中心和博士后工作站，創建了生物工程、抗生素、藥物制劑、現代中藥、OTC藥品及保健食品、動物疫苗及獸藥等六個方面的技術平臺。通過這六個平臺集中力量向自己有優勢的核心技術、核心產業展開研發，也標志著哈藥的新藥研發由以往的隨意性轉向專業性，加快了由完全仿制到創新性研發方向的轉移步伐。
經過多年的發展，哈藥集團以不斷完善的自主研發體系和逐漸壯大的科研隊伍，同它強大的品牌一起構成了公司騰飛的雙翼。借助這強大的品牌優勢，哈藥集團自主研發體系獲得了充分的成長空間；而公司的品牌建設也從自主研發體系那里獲得了強大的動力支持。
2006年，哈藥集團全年實現銷售收入101.05億元，同比增長11.86％；實現利潤7.84億元，同比增長16.15％，利潤和銷售收入指標分別在全國醫藥工業企業前列，充分發揮了集團在全市經濟發展中的領頭羊作用。在國家商務部公布的2005-2006年度中國最大的500家外商投資企業名單中，哈藥集團名列第88名。哈藥集團控股的上市公司——哈藥集團股份有限公司被評為全球華商醫藥百強冠軍；哈藥集團控股的上市公司——哈藥集團三精制藥有限公司高居2006最佳成長性上市公司50強醫藥類公司首位。
“處事沒從俗流走，立身敢與古人爭”，憑借自主創新的優勢，哈藥集團距離“創新型世界級新哈藥”的宏偉戰略目標越來越近。
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